Huluflu’nun mahkemesi yirmi dakika sürmüş, mahkemenin verdiği kurşuna dizilme kararı 13 Ekim 1937’de sabaha karşı infaz edilmişti.
Yeni alfabe ve imla kuralları üzerindeki çalışmalarına paralel olarak ağız edebiyatımızın derlenip yayına hazırlanmasını ön plana çıkaran Huluflu, Azerbaycan’ın ve Kafkasya’nın köylerini atla dolaşarak adeta her kapıyı çalmış ve ağız edebiyatının toplum içersinde mevcut olan farklı türlerdeki tüm örneklerini kayıt altına almaya çalışmıştır. Teknolojinin imkanları henüz gelişmediği için Veli Huluflu da ağız edebiyatı örneklerini toplumdaki yaşlı insanları konuşturmak suretiyle eliyle yazıya aktarmak zorunda kalmıştır. Ünlü ozan Hüseyin Bozalkanlı’yla buluşarak Köroğlu destanının birkaç kolunu yazıya aktaran Veli Huluflu, Azerbaycan’da destanı kitap halinde bastıran ilk bilim adamı olmuştur.
SSCB’nin halk edebiyatı uzmanları tarafından da büyük ilgiyle karşılanmış ve bu çalışmalarından dolayı Veli Huluflu’ya 1931’de profesör unvanı verilmiştir. Azerbaycan’ı Tetkik ve Propaganda Cemiyeti tarafından halk edebiyatımızı derleme çalışmaları için 1925-1926 yıllarında bölgelerimize giden Veli Huluflu, Azerbaycan halk edebiyatından materyaller dizisi altında yayınladığı kitaplar serisinde bizzat kendisinin derlediği şiirlerin yer aldığı El ozanları isimli kitabı yayına hazırlamıştır. Kitapta Hasta Kasım, Ozan Ali Asker, Ozan Hüseyin Şemkirli gibi müelliflerin farklı türlerdeki şiirlerinin yanısıra biyografilerine de yer verilmiştir. Bunun yanı sıra Veli Huluflu ilk kez bulmacaları da derleyerek kitap haline getirmiş, ön söz yazarak yayınlamıştır.
28 Ocak 1937’de sırf milli yönlü çalışmalarından dolayı gözaltına alınma kararını veren savcı ermeni olup,kararı imzalayan bir üst mercinin başındaki kişi de yine farklı millettendi. Yani ermeni bir savcı bir Türk milliyetçisini sırf eserlerinden dolayı gözaltına aldırmış,soruşturmasını kendisi yürütmüş, dosyayı mahkemeye sevketmiştir. Olağanüstü durumlar mahkemesinin üç üyesi de farklı milletten olup 12 Ekim 1937’de toplanmış, Huluflu’nun mahkemesi sadece yirmi dakika sürmüş, saat 18.20’de verilen kurşuna dizilme kararı 13 Ekim sabaha karşı infaz edilmiştir. Huluflu’nun kendisini savunması için tek kelime bile konuşmasına izin verilmediği soruşturma ve mahkeme sürecinde ona atfedilen ithamların başında ‘Derlediği halk edebiyatı örnekleri vasıtasıyla eski rejimin özlemini yaşamak ve bunu kimi simgeler vasıtasıyla topluma empoze ederek yeni rejime itiatsızlık yaratmak’ şeklindeki absürt suçlamalara yer verilmiştir.
Stalin rejimince 12 Ekim 1937'de infaz edilen Azerbaycanlı bilimadamı Veli Huluflu'nun eşi Fatma Huluflu 10 Nisan 1938'de "vatan haininin" eşi gibi suçlanarak tutuklanmıştır. 8 yıl hapis yatmış ve hapisten döndükten sonra hem eşinin hem kendisinin suçsuz olduğunu ispat etmiştir. Fakat bu kararlara rağmen Veli Huluflu’nun mezarı bulunamamıştır.