Tokat’ta doğdu. Nakşibendîyye Tarîkatı’nın Hâlidiyye koluna bağlıdır. Çorumlu Mustafa Rûmî’den icazet aldı. Tokat’ın Ali Paşa Camii’nde görevliyken 1908 yılında Meclis-i Mebusan’a Tokat mebusu olarak seçildi. Görevi icabı İstanbul’a geldi. Bir süre Fatih Camii'nde görev yaptı. Daha sonra İstanbul’a yerleşti. Fatih’te bulunan İsmetullah Dergahı'nda irşat görevinde bulundu.
Sivaslı Mustafa Taki Efendi ve İhramcızade İsmail Hakkı Toprak Efendi’yi yetiştirdi.
1917 yılında İstanbul’da vefat etti. Fatih Camii Haziresi'ne defnedildi.
Mustafa Hâkî Efendi’nin oğlu Bahaeddin Efendi'dir.
Mersiye
Darendeli Es-Seyyid Osman Hulûsi Efendi’nin Haki Efendi için yazdığı mersiye şöyledir:
Gel ey göz gör ki bir kerre ne hâldir hazret-i Hâkî Sa’âdet bâğı içre bir nihâldir hazret-i Hâkî
Ne sultân-ı hâkikatdir görüp anla kemâlinden Ne işrâk eylemiş nûr-ı zü’l- Celâldir hazret-i Hâkî
Anın sîr-âb ile gül hakkı musaffâ bî-cemâlinden Tekâmül eylemiş bir mâh-ı cemâldir hazret-i Hâkî
Dehânından çıkan her nutku bir iksîr-i a’zamdır Ser-â-pâ nûr-ı akdes bir kemaldir hazret-i Hâkî
Ana bir bende olmak her kula Hakdan sa’âdetdir Hulûsî Hakka vâsıtu’l- visâldir hazret-i Hâkî