Mayıs 1807 yılında asilerin lideri seçilmesinden önceki hayatı bilinmemektedir. Kastamonuludur.
Osmanlı Sultanı Üçüncü Selim Han’ın tahttan indirilerek yerine Dördüncü Mustafa Han’ın geçirilmesiyle neticelenen isyanın başıdır.
Kabakçı Mustafa isyanının sebepleri çok çeşitlidir. On sekizinci yüzyılın başlarında Osmanlı Devleti içte ve dışta çeşitli düşmanlarla mücadele ediyordu.
Sultan Üçüncü Selim “Nizam-ı Cedid” adı ile askeri, mülki, idari, ticari, içtimai ve siyasi bir dizi ıslahat teşebbüslerine girişti. Bu yenilikler devlete yeni bir canlılık getirdi.
Bu durum Rusya, Fransa ve İngiltere’nin hoşuna gitmedi. 1806’da çıkarılan Sırp isyanı, 1807’de Rusya’ya harp ilanı ve İngiliz donanmasının İskenderiye’yi işgali, tamamen Osmanlı Devleti'nin bu gelişme programını önlemeye yönelikti.
Nitekim bu faaliyetler, içeride Üçüncü Selim'in kurduğu modern Nizam-ı Cedid ordusunu istemeyen yeniçeriler ve diğer çıkarcıları harekete geçirdi.
Akka mağlubiyetini bir türlü unutamayan Fransızların İstanbul Sefiri Sebastiani’nin teşvik ve Selanikli Sadaret Kaymakamı Köse Musa’nın tahrikleriyle asiler ayaklanmaya hazır hale geldi.
Karadeniz Boğazı tabyalarındaki yeniçeriler ve yamaklar gizlice modern ve talimli yeni askerlere karşı kışkırtıldı. Sadaret Kaymakamı Köse Musa’nın telkinleriyle yamaklar, Haseki Halil Ağa'yı parçaladı. Bu hareket ile isyan başlatıldı.
Büyükdere Çayırı'nda toplanan asiler, Kabakçı Mustafa’yı lider seçti. İsyan genişledi. 500 kadar asi İstanbul’a yürüdü. Asileri Levend Çiftliği'ndeki bir tabur nizami asker durdurmaya kafiyken, Köse Musa Nizam-ı Cedid askerinin harekatını durdurdu. Sultan Üçüncü Selim, Müslüman kanı dökülmesini istemedi.
Sultan Üçüncü Selim Han’ın; “Bu işlere sebep, benim hilmimdir (yumuşak huylu olmamdır)!” demesi üzerine, Köse Musa asileri teskin edeceğini ifade ederek Nizam-ı Cedid askerlerinin kaldırıldığı hakkındaki fermanı çıkarttı.
Kararın hemen ardından Köse Musa harekete geçti. Çardak ve Unkapanı İskelesi'ne gelen asiler, yeniçeriler ile birleşip, Nizam-ı Cedid taraftarı devlet adamlarını katletti.
Daha sonra Padişahı da istemiyoruz diye bağıran asiler, 29 Mayıs 1807’de Sultan Üçüncü Selim’i tahttan indirip, yerine Sultan Dördüncü Mustafa’yı geçirdiler. Bütün ilerlemeler durduruldu.
Kabakçı Mustafa turnacıbaşılık payesiyle Boğaz’a tayin edildi. Hükumet işlerinde nüfuz sahibi oldu. Fakat bu çok kısa bir zaman sürdü.