Biyografi Ara!
Binlerce biyografi keşfedilmeyi bekliyor
Hasan Otu
akademisyen
Sayfayı paylaş
İlgili Kategoriler
Hasan Otu
akademisyen
Bilgi Üniversitesi Biyomühendislik Program Koordinatörü
Yrd. Doç. Dr. Hasan Otu
Lisans ve yüksek lisans derecelerini 1996 ve 1997 yıllarında Boğaziçi Üniversitesi Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü’nden aldı. Doktora derecesini 2002 yılında Nebraska-Lincoln Üniversitesi Elektrik Mühendisliği Bölümü’nden aldı.
Bioinformatic Core, BIDMC Genomics Center ve Dana-Farber/Harvard Cancer Center Proteomics Core kuruluşlarında yöneticilik yaptı. Nebraska-Lincoln Üniversitesi (2000-2002), Harvard Tıp Fakültesi (2002-2010), Boston Üniversitesi (2005), Northeastern Üniversitesi (2005-2006), Yeditepe Üniversitesi (2006-2007) ve Sabancı Üniversitesi (2008) gibi kurumlarda akademik çalışmalar yürüttü ve dersler verdi. Uluslararası hakemli akademik yayınlarda yayımlanmış 40’ın üzerinde makalesi bulunmaktadır.
ENGLISH BIOGRAPHY
Hasan H. Otu obtained his B.S. degree in 1996 and his M.S. degree in 1997, both from Bogazici University, Department of Electrical and Electronics Engineering. In 2002, he graduated from the University of Nebraska-Lincoln with a Ph.D. in Electrical Engineering focusing on Bioinformatics.
He has been a faculty member at Harvard Medical School (2003 - 2012), where he was a research fellow between 2002-2003. Dr. Otu is the founding director of Bioinformatics Core at Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School and Associate Director of Proteomics Core at Dana Farber Harvard Cancer Center. Between 2010-2013, Dr. Otu was the founding chair of the Department of Genetics and Bioengineering at Istanbul Bilgi University.
Dr. Otu’s research interests are in the area of Bioinformatics focusing on macromolecular sequence analysis, microarrays, biomarker discovery, genetic variations and systems biology, analyzing high throughput biological data within the context of networks. Dr. Otu has published ~50 journal articles and ~30 conference proceedings, which have received over 2,500 citations. Dr. Otu has written 4 book chapters and holds 4 U.S. patents.
Editorial Boards and Program Committees
--------------------------------------------------------------------------------
•2000: Ad hoc reviewer - IEEE Transactions on Communications, Bioinformatics, Systematic Biology, Journal of Computational Chemistry, Journal of Molecular Modeling, Cancer Informatics, Journal of Molecular Evolution, BMC Bioinformatics, BMC Medical Genomics, Journal of Computational Biology, Molecular Simulation, The Computer Journal, African Journal of Biotechnology, European Journal of Human Genetics, Journal of Theoretical Biology, Acta Biotheoretica, Journal of Heredity
•2010: Associate Editor - EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology
•2011: PC Co-chair The 6th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)
•2012: Organizer - Workshop, “Bioinformatics Approaches for Analysis of High-throughput Biological Data”, International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology
Selected Publications
--------------------------------------------------------------------------------
•Otu HH*, Fortunel NO*, Ng HH*, Chen J, Mu X, Chevassut T, Li X, Joseph M, Bailey C, Hatzfeld JA, Usta F, Vega VB, Long PM, Liberman TA, Lim B. “Comment on ‘Stemness: Transcriptional Profiling of Embryonic and Adult Stem Cells’ and ‘A Stem Cell Molecular Signature’” Science 2003; 302: 393b.
•Otu HH, Sayood K. “A new sequence distance measure for phylogenetic tree construction” Bioinformatics 2003; 19:2122-2130.
•Kocabas AM, Crosby J, Ross PJ, Otu HH, Beyhan Z, Can H, Leong TW, Rosa GJM, Halgren RG, Lim B, Fernandez E and Cibelli JB. “The transcriptome of human oocytes” Proceedings of the National Academy of Sciences, 2006 103: 14027-14032.
•Steidl U, Rosenbauer F, Verhaak RGW, Gu X, Ebralidze A., Otu HH, Klippel S, Steidl C, Bruns I, Costa DB, Wagner K, Aivado M, Kobbe G, Valk PJ, Passegué E, Libermann TA, Delwel R, Tenen DG. “Essential role of Jun family transcription factors in PU.1 knockdown-induced leukemic stem cells” Nature Genetics, 2006 38(11):1269-77.
•Aivado M, Spentzos D, Germing U, Alterowitz G, Meng XY, Grall F, Giagounidis AAN, Klement G, Steidl U, Otu HH, Czibere A, Prall WC, Iking-Konert C, Shayne M, Ramoni MF, Gattermann N, Haas R, Mitsiades CS, Fung ET, Libermann TA. “Serum proteome profiling detects myelodysplastic syndromes and identifies CXC chemokine ligands 4 and 7 as markers for advanced disease” Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007 104(4):1307-12.
•Otu HH, Can H, Spentzos D, Nelson RG, Hanson RL, Looker HC, Knowler WC, Monroy M, Libermann TA, Karumanchi SA, Thadhani R. “Prediction of diabetic nephropathy using urine proteomic profiling 10 years prior to development of nephropathy” Diabetes Care, 2007 30:638-643.
•Otu HH, Noxerova K, Can H, Ho K, Nesbitt N, Libermann TA, Karp SJ. “Restoration of liver mass after injury requires proliferative and not embryonic transcriptional patterns” Journal of Biological Chemistry, 2007 282(15):11197-204.
•Otu HH*, Dusek JA*, Wohlhueter AL, Bhasin M, Zerbini LF, Joseph MG, Benson H, Libermann TA. “Genomic counter-stress changes induced by the relaxation response” PLoS ONE, 2008 3(7):e2576.
•Al-Swailem AM , Shehata MM, Abu-Duhier FM, Al-Yamani EJ, Al-Busadah KA, Al-Arawi MS, Al-Khider AY, Al-Muhaimeed AN, Al-Qahtani FH, Al-Manee MM, Al-Shomrani BM, Al-Qhtani SM, Al-Harthi AS, Akdemir KC, Inan MS, Otu HH. “Sequencing, analysis, and annotation of expressed sequence tags for camelus dromedaries” PLoS ONE, 2010 5(5):e10720.
•Kang J, Yoo J, Lee S, Tang W, Aguilar B, Swapnika R, Inho C, Otu HH, Shin JW, Dotto GP, Koh CJ, Detmar M, Hong, YK. “An exquisite cross-control mechanism among endothelial cell fate regulators directs the plasticity and heterogeneity of lymphatic endothelial cells” Blood, 2010 116(1):140-150.
•Isci S, Jones J, Ozturk C, Otu HH. “Pathway analysis of high throughput biological data within a Bayesian Network framework” Bioinformatics, 2011 27(12):1667-1674.
•Otu HH*, Iager AE*, Kocabas AM*, Ruppel P, Langerveld A, Schnarr P, Suarez M, Jarrett JC, Conaghan J, Rosa GJM, Fernández E, Rawlins RG, Cibelli JB, Crosby JA. “Identification of a novel gene signature in human cumulus cells predictive of an oocyte’s pregnancy potential” Fertility and Sterility, 2013 99 (3): 745-752.
HABER
Türklerin genetik şifresi çözüldü
Milliyet 21 Şubat 2013
İstanbul Bilgi Üniversitesi’nden bir ekibin, Türk insanının genetik şifresini çözdüğü açıklandı.
İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü öğretim üyesi Yrd. Doç. Dr. Hasan Otu liderliğindeki ekip, yaklaşık 3 yıl süren çalışma sonucunda Türk insanının genetik şifresini çözdü.
Üniversiteden yapılan açıklamada, araştırma sonuçlarının dünyanın saygın bilim dergilerinden PLOS ONE dergisinde yayınlandığı belirtildi.
Açıklamada, makalenin, Türk popülasyonundan örnek bir kişinin tüm DNA dizisini gösterip detaylı analizini içerdiği aktarıldı.
İnsan genomunun 23 kromozom üzerinde bulunan 3.2 milyar nükleotidden oluşan DNA'nın bütününü temsil ettiği kaydedilen açıklamada, şu bilgilere yer verildi:
"Bilgi Üniversitesi öğretim üyeleri tarafından gerçekleştirilen çalışma, Türk insanındaki bu 3.2 milyar harfin diziliş sırasını ortaya koydu. Herhangi iki insanın DNA dizilimi yüzde 99'un üzerinde bir benzerlik göstermekte. Farklılıkları oluşturan yapısal değişkenlerin en önemlileri Single Nucleotid Polymorphism (SNP) denilen tek nükleotid farklılıkları ve DNA dizilerine eklenmiş ya da bu dizilerden silinmiş olan ve genellikle 50 nükleotidden kısa olan değişiklikler.
Çalışmada Türk insanına has bu tür yapısal değişiklikler bulundu ve bunların hastalıklarla olan ilişkileri ortaya çıkarıldı. Özellikle insan DNA'sının yaklaşık yüzde 2'sini oluşturan gen bölgelerindeki yapısal farklılıklar, hücrenin işleyişi ve hastalıklarla olan ilişkisini belirlemede önemli bir etken.
Gerçekleştirilen çalışma, Türk insan genomunda bulunan yapısal değişiklikleri gen bölgeleriyle ilişkilendirilip, kritik sonuçlara yol açanları tespit etti. Diğer popülasyonlarla karşılaştırıldığında, Türk insanında belirgin bir genom karakteristiği olduğu tespit edildi."
akademisyen
Bilgi Üniversitesi Biyomühendislik Program Koordinatörü
Yrd. Doç. Dr. Hasan Otu
Lisans ve yüksek lisans derecelerini 1996 ve 1997 yıllarında Boğaziçi Üniversitesi Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü’nden aldı. Doktora derecesini 2002 yılında Nebraska-Lincoln Üniversitesi Elektrik Mühendisliği Bölümü’nden aldı.
Bioinformatic Core, BIDMC Genomics Center ve Dana-Farber/Harvard Cancer Center Proteomics Core kuruluşlarında yöneticilik yaptı. Nebraska-Lincoln Üniversitesi (2000-2002), Harvard Tıp Fakültesi (2002-2010), Boston Üniversitesi (2005), Northeastern Üniversitesi (2005-2006), Yeditepe Üniversitesi (2006-2007) ve Sabancı Üniversitesi (2008) gibi kurumlarda akademik çalışmalar yürüttü ve dersler verdi. Uluslararası hakemli akademik yayınlarda yayımlanmış 40’ın üzerinde makalesi bulunmaktadır.
ENGLISH BIOGRAPHY
Hasan H. Otu obtained his B.S. degree in 1996 and his M.S. degree in 1997, both from Bogazici University, Department of Electrical and Electronics Engineering. In 2002, he graduated from the University of Nebraska-Lincoln with a Ph.D. in Electrical Engineering focusing on Bioinformatics.
He has been a faculty member at Harvard Medical School (2003 - 2012), where he was a research fellow between 2002-2003. Dr. Otu is the founding director of Bioinformatics Core at Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School and Associate Director of Proteomics Core at Dana Farber Harvard Cancer Center. Between 2010-2013, Dr. Otu was the founding chair of the Department of Genetics and Bioengineering at Istanbul Bilgi University.
Dr. Otu’s research interests are in the area of Bioinformatics focusing on macromolecular sequence analysis, microarrays, biomarker discovery, genetic variations and systems biology, analyzing high throughput biological data within the context of networks. Dr. Otu has published ~50 journal articles and ~30 conference proceedings, which have received over 2,500 citations. Dr. Otu has written 4 book chapters and holds 4 U.S. patents.
Editorial Boards and Program Committees
--------------------------------------------------------------------------------
•2000: Ad hoc reviewer - IEEE Transactions on Communications, Bioinformatics, Systematic Biology, Journal of Computational Chemistry, Journal of Molecular Modeling, Cancer Informatics, Journal of Molecular Evolution, BMC Bioinformatics, BMC Medical Genomics, Journal of Computational Biology, Molecular Simulation, The Computer Journal, African Journal of Biotechnology, European Journal of Human Genetics, Journal of Theoretical Biology, Acta Biotheoretica, Journal of Heredity
•2010: Associate Editor - EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology
•2011: PC Co-chair The 6th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)
•2012: Organizer - Workshop, “Bioinformatics Approaches for Analysis of High-throughput Biological Data”, International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology
Selected Publications
--------------------------------------------------------------------------------
•Otu HH*, Fortunel NO*, Ng HH*, Chen J, Mu X, Chevassut T, Li X, Joseph M, Bailey C, Hatzfeld JA, Usta F, Vega VB, Long PM, Liberman TA, Lim B. “Comment on ‘Stemness: Transcriptional Profiling of Embryonic and Adult Stem Cells’ and ‘A Stem Cell Molecular Signature’” Science 2003; 302: 393b.
•Otu HH, Sayood K. “A new sequence distance measure for phylogenetic tree construction” Bioinformatics 2003; 19:2122-2130.
•Kocabas AM, Crosby J, Ross PJ, Otu HH, Beyhan Z, Can H, Leong TW, Rosa GJM, Halgren RG, Lim B, Fernandez E and Cibelli JB. “The transcriptome of human oocytes” Proceedings of the National Academy of Sciences, 2006 103: 14027-14032.
•Steidl U, Rosenbauer F, Verhaak RGW, Gu X, Ebralidze A., Otu HH, Klippel S, Steidl C, Bruns I, Costa DB, Wagner K, Aivado M, Kobbe G, Valk PJ, Passegué E, Libermann TA, Delwel R, Tenen DG. “Essential role of Jun family transcription factors in PU.1 knockdown-induced leukemic stem cells” Nature Genetics, 2006 38(11):1269-77.
•Aivado M, Spentzos D, Germing U, Alterowitz G, Meng XY, Grall F, Giagounidis AAN, Klement G, Steidl U, Otu HH, Czibere A, Prall WC, Iking-Konert C, Shayne M, Ramoni MF, Gattermann N, Haas R, Mitsiades CS, Fung ET, Libermann TA. “Serum proteome profiling detects myelodysplastic syndromes and identifies CXC chemokine ligands 4 and 7 as markers for advanced disease” Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007 104(4):1307-12.
•Otu HH, Can H, Spentzos D, Nelson RG, Hanson RL, Looker HC, Knowler WC, Monroy M, Libermann TA, Karumanchi SA, Thadhani R. “Prediction of diabetic nephropathy using urine proteomic profiling 10 years prior to development of nephropathy” Diabetes Care, 2007 30:638-643.
•Otu HH, Noxerova K, Can H, Ho K, Nesbitt N, Libermann TA, Karp SJ. “Restoration of liver mass after injury requires proliferative and not embryonic transcriptional patterns” Journal of Biological Chemistry, 2007 282(15):11197-204.
•Otu HH*, Dusek JA*, Wohlhueter AL, Bhasin M, Zerbini LF, Joseph MG, Benson H, Libermann TA. “Genomic counter-stress changes induced by the relaxation response” PLoS ONE, 2008 3(7):e2576.
•Al-Swailem AM , Shehata MM, Abu-Duhier FM, Al-Yamani EJ, Al-Busadah KA, Al-Arawi MS, Al-Khider AY, Al-Muhaimeed AN, Al-Qahtani FH, Al-Manee MM, Al-Shomrani BM, Al-Qhtani SM, Al-Harthi AS, Akdemir KC, Inan MS, Otu HH. “Sequencing, analysis, and annotation of expressed sequence tags for camelus dromedaries” PLoS ONE, 2010 5(5):e10720.
•Kang J, Yoo J, Lee S, Tang W, Aguilar B, Swapnika R, Inho C, Otu HH, Shin JW, Dotto GP, Koh CJ, Detmar M, Hong, YK. “An exquisite cross-control mechanism among endothelial cell fate regulators directs the plasticity and heterogeneity of lymphatic endothelial cells” Blood, 2010 116(1):140-150.
•Isci S, Jones J, Ozturk C, Otu HH. “Pathway analysis of high throughput biological data within a Bayesian Network framework” Bioinformatics, 2011 27(12):1667-1674.
•Otu HH*, Iager AE*, Kocabas AM*, Ruppel P, Langerveld A, Schnarr P, Suarez M, Jarrett JC, Conaghan J, Rosa GJM, Fernández E, Rawlins RG, Cibelli JB, Crosby JA. “Identification of a novel gene signature in human cumulus cells predictive of an oocyte’s pregnancy potential” Fertility and Sterility, 2013 99 (3): 745-752.
HABER
Türklerin genetik şifresi çözüldü
Milliyet 21 Şubat 2013
İstanbul Bilgi Üniversitesi’nden bir ekibin, Türk insanının genetik şifresini çözdüğü açıklandı.
İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü öğretim üyesi Yrd. Doç. Dr. Hasan Otu liderliğindeki ekip, yaklaşık 3 yıl süren çalışma sonucunda Türk insanının genetik şifresini çözdü.
Üniversiteden yapılan açıklamada, araştırma sonuçlarının dünyanın saygın bilim dergilerinden PLOS ONE dergisinde yayınlandığı belirtildi.
Açıklamada, makalenin, Türk popülasyonundan örnek bir kişinin tüm DNA dizisini gösterip detaylı analizini içerdiği aktarıldı.
İnsan genomunun 23 kromozom üzerinde bulunan 3.2 milyar nükleotidden oluşan DNA'nın bütününü temsil ettiği kaydedilen açıklamada, şu bilgilere yer verildi:
"Bilgi Üniversitesi öğretim üyeleri tarafından gerçekleştirilen çalışma, Türk insanındaki bu 3.2 milyar harfin diziliş sırasını ortaya koydu. Herhangi iki insanın DNA dizilimi yüzde 99'un üzerinde bir benzerlik göstermekte. Farklılıkları oluşturan yapısal değişkenlerin en önemlileri Single Nucleotid Polymorphism (SNP) denilen tek nükleotid farklılıkları ve DNA dizilerine eklenmiş ya da bu dizilerden silinmiş olan ve genellikle 50 nükleotidden kısa olan değişiklikler.
Çalışmada Türk insanına has bu tür yapısal değişiklikler bulundu ve bunların hastalıklarla olan ilişkileri ortaya çıkarıldı. Özellikle insan DNA'sının yaklaşık yüzde 2'sini oluşturan gen bölgelerindeki yapısal farklılıklar, hücrenin işleyişi ve hastalıklarla olan ilişkisini belirlemede önemli bir etken.
Gerçekleştirilen çalışma, Türk insan genomunda bulunan yapısal değişiklikleri gen bölgeleriyle ilişkilendirilip, kritik sonuçlara yol açanları tespit etti. Diğer popülasyonlarla karşılaştırıldığında, Türk insanında belirgin bir genom karakteristiği olduğu tespit edildi."