1827 yılında Selanik’in Siroz sancağına bağlı Lika köyünde doğdu. Sıbyan mektebinde yeteneği fark edildi. Bölge eşrafından bir zatın himayesinde İstanbul'a gönderildi. Mülkiye Mektebi'nde eğitimini tamamladı. Katip olarak memuriyete başladı. Çeşitli vilayetlerde divan katipliği, mektupçuluk, mutasarrıflık ve valilik yaptı.
Memuriyet hayatındaki en parlak icraatlarını Sivas, Aydın (İzmir) ve Manastır valilikleri dönemlerinde gerçekleştirdi. Balkanlar'da eşkıyaya karşı orijinal mücadele taktikleri geliştirdi. Anadolu'da bayındırlık alanında vatandaş-devlet işbirliği ile gerçekleştirdiği çalışmalarla şöhrete ulaştı.
1882 yılında Sivas'a vali olarak gönderildi. Yol, içme suyu, tarım, orman alanlarında bölgeye çok hizmet verdi.
19. Yüzyıl'daki valiler arasında özellikle yol yapımı konusunda iz bırakan bir kişi oldu. “Gidemediğin yer senin değildir” sözü meşhurdur.
Sivas’tan İzmir’e tayin edildi. 1885-1886 ve 1889-1891 yılları arasında iki dönem İzmir valiliği yaptı.
Dahiliye Nazırlığı ve Sadrazamlığının ilk yıllarında en fazla meşgul olduğu mesele Ermeni isyanlarıydı. Dahiliye Nazırlığı görevindeyken başlattığı Darülaceze projesini sadrazamlığının altıncı ayında tamamladı.
İkinci Abdülhamit döneminde 6 yıl sadrazamlık yaptı. Görevi sırasında başarılı hizmetlere imza attı.
9 Kasım 1901 tarihinde İstanbul’da vefat etti. Eyüpsultan'da defnedildi.
Halil Rıfat Paşa’nın Hizmetleri
•Trabzon-Canik (Samsun) Elâzığ-Malatya-Hasançelebi sınırına kadar 410 kilometrelik Bağdat yolunu yaptırdı.
•Bu yol üzerinde 314 köprü ve 829 menfez inşa edildi.
•Çamlıbel’e kendi parası ile bir çeşme yaptırdı.
•Tokat-Niksar-Ünye’ye kadar olan 76 kilometrelik şoseyi yaptırdı.
•Kelkit Çayı üzerinde 630 metre uzunluğunda 41 gözlü Hamidiye Köprüsü'nü yaptırdı.
•Bunlar dışında 55 köprü ile 32 menfez inşasını gerçekleştirdi.
•Yozgat-Çorum sınırına kadar 63 kilometre yol açtırdı ve köprüler yaptırdı.
•Merzifon-Osmancık ilçesi arası yolu 59 kilometrelik bir şose ile bağlattı.
•Şebinkarahisar’dan Trabzon ve Giresun illerine kadar, 64 kilometrelik bir yol ile Sivas-Hafik-Zara-Koyulhisar-Mesudiye ve Ordu illerine kadar 212 kilometrelik şose, 92 köprü, 300’den fazla menfez yaptırdı.
•Ayrıca Sivas’ın kasabalarının ve birçok köyün yollarını inşa ettirdi.