30 Kasım 1958 tarihinde Balıkesir’de doğdu. İlk, orta ve lise tahsilini 1965-1976 yılları arasında Ankara’da Ankara Koleji’nde yaptı. 1976’da Hacettepe Üniversitesi Ekonomi Bölümü’ne girerek, 1981’de buradan mezun oldu. Aynı yıl Hacettepe Üniversitesi Tarih Bölümü’nde yüksek lisansa başladıktan sonra, 1983’de aynı üniversitenin Atatürk İlkeleri ve İnkılâp Tarihi Enstitüsü’nde de yüksek lisans eğitimine ve araştırma görevliliğine girerek, iki yıl sonra buradan mezun oldu.
1985’de Batı Almanya’nın Münih şehrine giden Hakan Kırımlı, buradaki Ukrayna Hür Üniversitesi (Ukrainische Freie Universität) Tarih Bölümü’nde doktora eğitimine başladı. 1986 yılının ikinci yarısında, Amerika Birleşik Devletleri’nin Wisconsin eyaletinin Madison şehrindeki Wisconsin Üniversitesi (University of Wisconsin-Madison) Tarih Bölümü doktora programına üzere kabul edildi. Adı geçen üniversitede bulunduğu yaklaşık dört yıl içinde doktora öğrenciliğinin yanısıra Prof. Dr. Kemal Karpat ve Doç. Dr. David McDonald’ın araştırma ve öğretim asistanlıklarını yaptı. Aralık 1990’da doktora tezi kabul edilerek tarih dalında Felsefe Doktoru ünvanını kazandı.
1991 yılından bu yana Ankara’daki Bilkent Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde öğretim üyesi olarak çalışmakta olan Hakan Kırımlı, 1995 yılında da Türk Tarih Kurumu aslî üyeliğine seçilmiştir. Hakan Kırımlı 2000-2001 öğretim yılında A.B.D.’ndeki Harvard Üniversitesi Ukrayna Araştırmaları Enstitüsü’nde, 2016 yılında da Stanford Üniversitesi’nde misafir öğretim üyesi olarak bulunmuştur.
Kırım Tatarları, Volga (İdil) Tatarları, Kafkasya halkları ve genel olarak Rusya tarihi üzerinde ihtisas sahibi olan Dr. Kırımlı’nın akademik makaleleri, aralarında Revue du Monde Russe (Paris), Der Islam (Berlin), Middle Eastern Studies (Londra), Central Asian Survey (Londra), Voprosı istorii (Moskova) ve Belleten’in de bulunduğu pekçok yerli ve yabancı dergide yayınlanmıştır.
Hakan Kırımlı’nın Hollanda’daki Brill yayınevince yayınlanmış National Movements and National Identity among the Crimean Tatars (1905-1916) (Leiden, 1996), aynı çalışmanın Türkçe versiyonu mahiyetindeki Türk Tarih Kurumu yayını Kırım Tatarlarında Millî Kimlik ve Millî Hareketler (1905-1916) (Ankara, 1996), Tarih Vakfı yayını Türkiye’deki Kırım Tatar ve Nogay Köy Yerleşimleri (İstanbul, 2012), Türk Tarih Kurumu yayını Dmitriy Vasilyev ve Galina Dlujnevskaya ile birlikte yazdığı Eski Fotoğraflarda Bir Zamanlar Kırım / Крым в прошлом в старых фотографиях (1. Baskı: Ankara, 2006; Gözden geçirilmiş 2. Baskı: Ankara, 2017), Başbakanlık Yurtdışı Türkler Başkanlığı yayını Nicole Kançal-Ferrari ile birlikte hazırladığı Kırım’daki Kırım Tatar (Türk-İslâm) Mimârî Yadigârları (Ankara, 2016) ve İsmail Türkoğlu ile birlikte yazdığı İsmail Bey Gaspıralı ve Dünya Müslümanları Kongresi (Tokyo, 2002) başlıklı kitapları ile İsmail Bey Gaspıralı (Ankara, 2001) başlıklı bir kitapçığı bulunmaktadır. Ayrıca, başta İsmail Bey Gaspıralı İçin (Ankara, 2003) başlıklı geniş makaleler derlemesi olmak üzere bir çok kitabı da yayına hazırlamıştır.
Dr. Kırımlı, Türkiye’de, Amerika Birleşik Devletleri’nde, Kanada’da, İngiltere’de, Almanya’da, İtalya’da, Ukrayna’da, Kırım’da, Rusya’da, Azerbaycan’da, Romanya’da, Polonya’da, Hollanda’da, Belçika’da, Özbekistan’da, Tataristan’da, Kosova’da, Yeni Zelanda’da ve Güney Kore’de yapılan çok sayıda ilmî konferanslara katılarak tebliğler sunmuştur.
Dr. Kırımlı Türkçe ve Kırım Tatarca’nın yanısıra İngilizce, Rusça, Almanca Kazan Tatarca, Özbekçe ve Kazakça ile (okuma seviyesinde) Ukraince ve Bulgarca bilmektedir.